Пелагонискиот плански регион се наоѓа во југозападниот дел на Република Македонија. На југ граничи со Република Грција и со Република Албанија на југозапад.
Пелагонискиот плански регион ги опфаќа басените на Пелагониската и Преспанската котлина. Името на областа е според Пелагониската котлина која завзема најголем дел од територијата на целиот плански регион. Пелагонија го зафаќа централно-западниот дел на Република Македонија. Составена е од Битолското и Прилепското поле во Република Македонија во басенот на Црна Река и нејзините притоки и Леринското Поле во Република Грција. Котлината е опкружена со планините Баба, Бушева планина од запад, Даутица и Бабуна од север, Селечка Планина и Ниџе од исток, додека на југ и југозапад е оградена со падините на Нередска планина која територијално се наоѓа во Република Грција. Просечната надморска височина се движи меѓу 540 и 610 метри во Битолското поле и 615 и 710 метри надморска височина во Прилепското поле.

Хидролошкиот потенцијал во Пелагонискиот плански регион го сочинуваат реката Црна со притоките Блато, Шемница, Драгор и Елешка река. Сливот на Црна Река претставува дел од егејското сливно подрачје.
Црна река е главниот и најголем речен тек во Пелагонискиот плански регион. Вкупната должина изнесува 207 км и целиот тек е во Република Македонија. Сливното подрачје на Црна изнесува 5.890 км2 што претставува 28,68% од сливното подрачје на реката Вардар во која се влева. При вливот, Црна река има истек од просечни 37 м3/сек.
Како хидролошки потенцијал, Преспанското езеро претставува посебен природен и географски туристички мотив и дестинација за развој на езерскиот туризам во овој регион.
Преспанско Езеро е природно езеро, кое го делат три држави. Географски, езерото се наоѓа во југозападниот дел од земјата и припаѓа на Пелагонискиот плански регион. Преспанското езеро се наоѓа на надморска височина од 853 метри, истото е со максимална должина од 28 км и максимална широчина од 17 км. Просечната длабочина на езерото изнесува 54 метри, а максималната длабочина 76 метри.
Вкупната водна површина изнесува 276,4 км2, од кои во Македонија припаѓаат 191,4 км2, во Грција 37,6 км2, во Албанија 46,2 км2.
За наводнување на обработливите површини во регионот значајни се акумулацииите Стрежево и Прилепско Езеро, како и вештачката акумулација Суводол.
Пелагонискиот плански регион располага со земјоделското земјиште со површина од 276.777 ха. Од неа 117.770 ха се обработлива земјоделска површина, а останатите 159.007 ха – пасишта. Во структурата на обработливи површини – ораниците и бавчите учествуваат со 83%. Како стопанска гранка, земјоделството учествува со 4% од производство и 5% во вкупното вработување во регионот. Вкупната површина под шуми во 2014 година изнесува 143.545 ха или 14,6% од вкупните шуми во земјата.
Од рудните наоѓалишта во регионот најважно економско значење имаат лежиштата на јаглен (лигнит) во Пелагонија и Мариово кои денес се искористуваат во трите блока на РЕК Битола и неметалните лежишта на дијатомејска земја во Манастир – Мариово и белите мермери во Прилепско. Посебен минерален ресурс претставуваат ладните минерални извори кај селото Меџитлија, битолско кои подолг временски период се во екплоатација.
Размената на добра и луѓе со соседните држави се остваруваат преку патните гранични премини Стење/Горица кај Ресен со Република Албанија и Меџитлија/Ники кај Битола со Република Грција.
Постои и еден железнички премин кај селото Кременица со Република Грција, кој во моментот не е во употреба
На територијата на Пелагонискиот плански регион се наоѓаат два национални паркови. Националниот парк Пелистер и дел од Националниот парк Галичица, кои претставуваат огромен потенцијал за развој на туризмот и подобрување на економијата во регионот.